ちょっとメモ書き。
現象：Visual Studio.NETがインストールされているマシンに、VC4.1をインストールした後、Visual Studio.NETでコンパイルしたら コンパイルエラーが出る。 コンパイル時のエラー内容をメモってないんですが「cl.exe’ の起動中にエラーが発生しました。（以下略）」でした。
原因：VS.NET用がインストールされている状態で、VC4.1を入れるとVS.NETのcl.exeがVC4.1用に変更されているみたいです。
対処方法：VS.NETの再インストールか、VS.NETのインストールディスク内のcl.exeをVS.NETのcl.exeに上書きで修正可能。
MSからも、複数バージョンの Visual Studio のインストールするときは、リリース順に入れるようにいわれています。http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms246609(v=vs.90).aspx
しかし上書きされるのは・・・。ちなみに一緒にVS2010もインストールされていましたがこちらは問題なし。